در سال ۱۳۲۸ مینوی همکاری خود با رادیو بی‌بی‌سی را قطع نمود و در پی دعوت به کار از سوی دانشگاه تهران به ایران بازگشت و به تدریس در دانشکده ادبیّات پرداخت. از سال ۱۳۳۱ مدّتی ریاست تعلیمات عالیۀ وزارت فرهنگ را داشت.

از سال ۱۳۲۹ از طرف دانشگاه تهران مأموریت یافت که طی سفرهایی به کشور ترکیه، ضمن جستجو در کتابخانه‌های آن کشور و بررسی کتب خطّی فارسی، عربی و ترکی به عکس‌برداری و تهیه میکروفیلم از تعدادی از کتب خطی بپردازد. مینوی گزارشی از نتایج علمی این سفرها را در مقالاتی با عنوان «از خزائن ترکیه» در مجلۀ دانشکده ادبیّات تهران در سه شمارۀ متوالی در سال ۱۳۳۵ منتشر کرد. طی همین دوران موفّق به تهیّۀ میکروفیلم از بیش از هزار نسخۀ خطّی شد که در کتابخانۀ مرکزی دانشگاه تهران نگهداری می‌شد. از سال ۱۳۳۶ به مدت چهار سال به سمت رایزن فرهنگی ایران در ترکیّه منصوب شد. در همین سال در کنگرۀ بین‌المللی خاورشناسان در استانبول حضور یافت. در همین دوره، عضویت در شورای عالی دانشگاه‌ها و شورای عالی سازمان اسناد ملی و عضویت پیوستۀ فرهنگستان ادب و هنر ایران (از سال ۱۳۵۲) و مشاوره در بنیاد فرهنگ ایران را داشت. در سال ۱۳۴۸ از دانشگاه تهران بازنشسته شد. او در همان سال ۱۳۴۸ سرپرستی علمی بنیاد شاهنامۀ فردوسی را به‌عهده گرفت و تا پایان عمر به این کار ادامه داد.

مجتبی مینوی در طول زندگی خود دو بار ازدواج کرد. از همسر اول خویش، الن بدهم (ائللئن بادهام) که اهل انگلستان بود، صاحب دو فرزند به نام‌های رامین و ماکان و از همسر دومش شهربانو پرتوی نیز صاحب یک دختر به نام نیلوفر شد. او در روز چهارشنبه هفتم بهمن ۱۳۵۵ در سن ۷۳ سالگی در تهران درگذشت و در بهشت زهرای تهران به خاک سپرده شد.

مینوی در زمرۀ نویسندگان پرکار دوران معاصر ایران قرار دارد و آثار متعدّدی از او در زمینه های تصحیح متون، ترجمه، تألیف و نقد به چاپ رسیده است. از مجتبی مینوی قریب چهل کتاب و صدها مقاله برجای مانده است. در کتاب «زندگی نامه و خدمات علمی و فرهنگی استاد مجتبی مینوی (مجموعۀ زندگی نامه ها)، از انتشارات انجمن آثار و مفاخر فرهنگی شمارۀ ۲۲» سی وهشت کتاب، دویست ویازده مقالۀ فارسی و سیزده کتاب و مقاله به زبان انگلیسی از مجتبی مینوی نام برده شده است.